El 23 de julio de 1991, la bula «In hac beati Petri cathedra», emitida por el Papa Juan Pablo II, restauró la antigua diócesis complutense y reorganizó la estructura eclesiástica de varias localidades de la Comunidad de Madrid, incluyendo Arganda del Rey. 

Esta reestructuración se realizó a petición del entonces arzobispo de Madrid, el cardenal Ángel Suquía Goicoechea, quien consideró oportuno desmembrar la Archidiócesis de Madrid-Alcalá.

Con la promulgación de esta bula, una gran parte de la zona este y sureste de la Comunidad de Madrid, donde se encuentra Arganda del Rey, quedó separada de la archidiócesis de Madrid y pasó a formar parte de la restaurada diócesis complutense. 

Esta diócesis tiene sus raíces en el siglo V, cuando el obispo de Toledo, Asturio, descubrió en el «Campo Laudable» las reliquias de los Santos Niños Justo y Pastor, martirizados en el siglo IV. 

En ese lugar, Asturio ordenó la construcción de un templo y estableció su sede episcopal en Complutum, la actual Alcalá de Henares.

Desde el 23 de julio de 1991, la sede de la diócesis complutense se estableció en la Iglesia Magistral de los Santos Niños Justo y Pastor en Alcalá de Henares, elevándola al rango de Catedral. Este templo había sido previamente una colegiata, gracias a la intervención del arzobispo Carrillo.

Actualmente, Arganda del Rey cuenta con tres parroquias: San Juan Bautista, San Sebastián Mártir y San Gabriel Arcángel en La Poveda, reflejando su integración y participación activa dentro de la diócesis complutense.

La bula papal detalla la creación de la nueva diócesis, separando de la Archidiócesis de Madrid a los municipios de la zona, entre ellos Arganda del Rey, y estableciendo nuevos límites diocesanos. Este documento también aborda la administración y las obligaciones de la nueva diócesis, incluyendo la constitución de un Consejo de Consultores y la formación de candidatos al sacerdocio.

La reestructuración eclesiástica llevada a cabo en 1991 bajo la bula «In hac beati Petri cathedra» ha tenido un impacto significativo en la organización y administración de la iglesia en la región, facilitando una mejor atención pastoral y fortaleciendo la identidad de la diócesis complutense.

En el texto de la bula se recoge que “separamos de la Archidiócesis de Madrid todo el territorio comprendido por los municipios civiles llamados: Ajalvir, Alcalá de Henares, Algete, Ambite, Anchuelo, Arganda del Rey, Brea de Tajo, Camarma de Esteruelas, Campo Real, Carabaña, Cobeña, Corpa, Coslada, Daganzo de Arriba, Estremera, Fresno de Torote, Fuente el Saz de Jarama, Fuentidueña de Tajo, Loeches, Meco, Mejorada del Campo, Morata de Tajuña, Nuevo Baztán, Olmeda de las Fuentes, Orusco, Paracuellos de Jarama, Patones, Perales de Tajuña, Pezuela de Torres, Pozuelo del Rey, Ribatejada, Rivas-Vaciamadrid, San Fernando de Henares, Santorcaz, los Santos de la Humosa, Talamanca de Jarama, Tielmes, Torrejón de Ardoz, Torrelaguna, Torremocha de Jarama, Torres de la Alameda, Valdaracete, Valdeavero, Valdeolmos, Valdepiélagos, Valdetorres de Jarama, Valdilecha, Valverde de Alcalá, Velilla de San Antonio, Villalbilla, Villamanrique de Tajo, Villar del Olmo y Villarejo de Salvanés, y con estas poblaciones segregadas creamos una nueva Diócesis, que se llamará de Complutense, cuyos límites serán los mismos de los municipios señalados tal y como actualmente se encuentran de conformidad con las leyes civiles”.

Asimismo, indica que “mandamos que el título de Alcalá, anexo a la Archidiócesis de Madrid sea suprimido de ésta, de ahora en adelante. Establecemos la sede de la nueva Iglesia en la ciudad de Alcalá de Henares y ponemos la cátedra del magisterio episcopal en el Templo dedicado, allí mismo, a Dios en honor de los Santos Justo y Pastor, al que elevamos al grado de Iglesia Catedral otorgándole las insignias, privilegios y honores propios de las demás Iglesias Catedrales”.